A diferença não é muita, francamente. Eu tenho uma Canon 400D e já tive contactos com uma D40, considero a Canon melhor porque além dos megapixeis disponíveis, tens mais opções de luz e efeitos (tipo, a Nikon D40 (ou pelo menos a D50 mas penso que nesse aspecto é a mesma coisa) não tem preto e branco nem essas piquinhices que na verdade depois até podes pôr no photoshop, mas não é a mesma coisa..)
Não sei qual é a diferença de preços right now, mas creio que a Canon até é mais barata x) portanto aconselho vivamente a Canon EOS 400D (ou se estiveres aberto a outras máquinas, acho que a 350D até resolve o assunto; e uma Canon 40D também é muito boa (na verdade até tava a pensar vender a minha 400D pra comprar uma 40D ou uma supa sweet Canon EOS Rebel XS <3)
também depende um bocado do uso que lhe vais dar, mas qualquer uma destas serve pra quase tudo
o único problema destas máquinas é o zoom, que não é nada como as máquinas de bolso que carregas num botão e chegas ao fundo da rua, é preciso investimento em lentes e objectivas e isso é o que costuma sair mais caro...